Antivirus-alarm — проверка осуществляется средствами нескольких десятков популярных движков антивирусных программ.
Проверить сайт на вирусы в Dr.Web — онлайн версия известной антивирусной программы.
Скрипт под названием Айболит — его нужно будет закинуть в корневую папку вашего сайта, а потом запустить из адресной строки браузера. Он проверит наиболее уязвимые файлы на вирусы, шеллы, эксплойты и пр., после чего вынесет свой вердикт.
Постоянная проверка сайта на вирусы с Alarmer — скрипт, который после установки на сервер начинает мониторить состояние всех имеющихся там файлов и при изменении сообщает об этом вам.